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© Arne Elofsson

SciLifeLab Logotype nbis Logotype
SeRC Logotype Stockholm University logotype EGI logotype

Prediction in text file can be found in query.result.txt

The sequence file in FASTA format can be found in seq.fa


Predicted topologies and predicted ΔG values:

Topology
High-resolution image


Consensus prediction (TOPCONS):

Consensus
High-resolution image

Predicted signal peptide and TM-helix positions (position starting from 1):

TOPCONS  SP: 1-22
OCTOPUS  TM1: 3-23
Philius  SP: 1-21
PolyPhobius  SP: 1-21
SCAMPI  TM1: 4-24
SPOCTOPUS  SP: 1-21
PDB-homology  ***No homologous TM proteins detected***

Sequence and predicted topologies: (i: inside the membrane, o: outside of the membrane, M: membrane region, u: non-membrane region but location unkown)

 1                                           41         
Seq.   MKKLALVLGS LLVVGSVASA KEVMPAPTPA PEKVIEYVEK PVIVYRDREV
TOPCONS   SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS Sooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   iiMMMMMMMM MMMMMMMMMM MMMooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   iiiMMMMMMM MMMMMMMMMM MMMMoooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 51                                          91         
Seq.   TPAWRPNGSV DVQYRWYGEV ENRAPKDEKS GTSWTDDAKV NAGRLQTTTK
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 101                                         141        
Seq.   VNFTEKQTLE VRTRNYHTLR DNTMGRSAGA SDEVRVRHFY NLGKFDKVNA
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 151                                         191        
Seq.   TTRLGFTQKA GDAGKKTAEA SVLFDFSDYI YSNNFFKVEK LGLRPGYKHI
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 201                                         241        
Seq.   WRGHDNDKSV NEYHLGFESD FSLPFNFALN LEYDLSYNRL RPGNRFSTVD
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 251                                         291        
Seq.   KDKKGEWYGE LTAVLSNYTP LYKAGAVEVG FNAEGGYDTY NMHQFKRAGG
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 301                                         341        
Seq.   TGENGRGDLT ATDRRDYELY LEPTLQVSYK PTDFVKLYAA AGADYRNRTN
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 351                   371        
Seq.   NESEVKNWRW QPTAWAGMKV SF
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oo