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© Arne Elofsson

SciLifeLab Logotype nbis Logotype
SeRC Logotype Stockholm University logotype EGI logotype

Prediction in text file can be found in query.result.txt

The sequence file in FASTA format can be found in seq.fa


Predicted topologies and predicted ΔG values:

Topology
High-resolution image


Consensus prediction (TOPCONS):

Consensus
High-resolution image

Predicted signal peptide and TM-helix positions (position starting from 1):

TOPCONS  SP: 1-31
OCTOPUS  TM1: 15-35
Philius  SP: 1-30
PolyPhobius  SP: 1-30
SCAMPI  TM1: 13-33
SPOCTOPUS  TM1: 15-35
PDB-homology  ***No homologous TM proteins detected***

Sequence and predicted topologies: (i: inside the membrane, o: outside of the membrane, M: membrane region, u: non-membrane region but location unkown)

 1                                           41         
Seq.   MCIFQKKKEN KKYLFILIFS IFIREISFSQ YSLPHDIEMS DSTLREVLDE
TOPCONS   SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   iiiiiiiiii iiiiMMMMMM MMMMMMMMMM MMMMMooooo oooooooooo
PHILIUS   SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS SSSSSSSSSo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS SSSSSSSSSo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   iiiiiiiiii iiMMMMMMMM MMMMMMMMMM MMMooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   iiiiiiiiii iiiiMMMMMM MMMMMMMMMM MMMMMooooo oooooooooo
 
 51                                          91         
Seq.   IEECLPVQIK VDEDLKDPLN LFFREGQKVE EVLEMLAEIT NKKVRRISSK
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 101                                         141        
Seq.   KYQLESMSTE KEGKLKEYHL SYLRSREVCD TLKELFPSEV KVANLESRNK
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 151                                         191        
Seq.   IIIMATDKKI QEIDKIIQEI DIEGKQVKVY SQVLDISKDL FHELGFDWLY
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 201                                         241        
Seq.   EKPSKQKNQF SVSVLGEESA GNSGPVLGSK WNLIRQFSNA AEVLGLSFKL
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 251                                         291        
Seq.   LEAKQDLKIT SSPAILIAHG NTGEFKITEE VIVGEKKRRK KESILLWSPF
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 301        
Seq.   LKKLDLF
TOPCONS   ooooooo
OCTOPUS   ooooooo
PHILIUS   ooooooo
PolyPhobius   ooooooo
SCAMPI   ooooooo
SPOCTOPUS   ooooooo