You don't have javascript enabled. The web-server may behave improperly.

New query
Batch WSDL API
Download
References
News
Server status
Example results
Old TOPCONS
Help

Your recent jobs:

Queued    0
Running    0
Finished   0
Failed    0





© Arne Elofsson

SciLifeLab Logotype nbis Logotype
SeRC Logotype Stockholm University logotype EGI logotype

Prediction in text file can be found in query.result.txt

The sequence file in FASTA format can be found in seq.fa


Predicted topologies and predicted ΔG values:

Topology
High-resolution image


Consensus prediction (TOPCONS):

Consensus
High-resolution image

Predicted signal peptide and TM-helix positions (position starting from 1):

TOPCONS  TM1: 62-82
OCTOPUS  TM1: 61-81
Philius  TM1: 62-82
PolyPhobius  TM1: 62-82
SCAMPI  TM1: 63-83
SPOCTOPUS  TM1: 61-81
PDB-homology  ***No homologous TM proteins detected***

Sequence and predicted topologies: (i: inside the membrane, o: outside of the membrane, M: membrane region, u: non-membrane region but location unkown)

 1                                           41         
Seq.   MRKFCSKCGA PLKPDDQFCS ICGTPVDGNS KHELEKINSI KQRPQVKRSE
TOPCONS   iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii
OCTOPUS   iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii
PHILIUS   iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii
PolyPhobius   iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii
SCAMPI   iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii
SPOCTOPUS   iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii iiiiiiiiii
 
 51                                          91         
Seq.   IRNSKRNFKT RNIIIGVVIA IVVLVAGGWA IYQHGRSSAE SKIIGGNGRL
TOPCONS   iiiiiiiiii iMMMMMMMMM MMMMMMMMMM MMoooooooo oooooooooo
OCTOPUS   iiiiiiiiii MMMMMMMMMM MMMMMMMMMM Mooooooooo oooooooooo
PHILIUS   iiiiiiiiii iMMMMMMMMM MMMMMMMMMM MMoooooooo oooooooooo
PolyPhobius   iiiiiiiiii iMMMMMMMMM MMMMMMMMMM MMoooooooo oooooooooo
SCAMPI   iiiiiiiiii iiMMMMMMMM MMMMMMMMMM MMMooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   iiiiiiiiii MMMMMMMMMM MMMMMMMMMM Mooooooooo oooooooooo
 
 101                                         141        
Seq.   TTAEIKKMPN KQLAAWAILY ADKKYGKKWG EAADELRSGH LTIKSYSSHK
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 151                                         191        
Seq.   FGDYEISATN GSTLYAINNQ VGYLISKDKK EITYVGNKSN YSNRDVLEQI
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 201                                         241        
Seq.   YPVVKSENTE ENVSNWNNNL TIVKGKDRTA SSSTKKFTTE EKKDTKATKL
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 251                                         291        
Seq.   WSDEQRDRLI SYMDEFGDKM HQPYSHYTGS GSITTAAGQE YPSFLSEGKF
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 301                                         341        
Seq.   KLSSGDKDSR DPEDMDSINL KWNPDVTDKD NDSNTYNVVA IFNYNGKSAE
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 351                                         391        
Seq.   QHITYLFCFY HGEPVALVDQ TTNGEYTVVH ATANHDLTSN FEEIANND
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooo