You don't have javascript enabled. The web-server may behave improperly.

New query
Batch WSDL API
Download
References
News
Server status
Example results
Old TOPCONS
Help

Your recent jobs:

Queued    0
Running    0
Finished   0
Failed    0





© Arne Elofsson

SciLifeLab Logotype nbis Logotype
SeRC Logotype Stockholm University logotype EGI logotype

Prediction in text file can be found in query.result.txt

The sequence file in FASTA format can be found in seq.fa


Predicted topologies and predicted ΔG values:

Topology
High-resolution image


Consensus prediction (TOPCONS):

Consensus
High-resolution image

Predicted signal peptide and TM-helix positions (position starting from 1):

TOPCONS  TM1: 18-38
OCTOPUS  TM1: 17-37
Philius  TM1: 19-38
PolyPhobius  TM1: 20-38
SCAMPI  TM1: 19-39
SPOCTOPUS  TM1: 17-37
PDB-homology  ***No homologous TM proteins detected***

Sequence and predicted topologies: (i: inside the membrane, o: outside of the membrane, M: membrane region, u: non-membrane region but location unkown)

 1                                           41         
Seq.   MPKRSEIHSN KLKSQKRNII IGAIIAVFVL ILGGWGLYQH GRNSAESTVI
TOPCONS   iiiiiiiiii iiiiiiiMMM MMMMMMMMMM MMMMMMMMoo oooooooooo
OCTOPUS   iiiiiiiiii iiiiiiMMMM MMMMMMMMMM MMMMMMMooo oooooooooo
PHILIUS   iiiiiiiiii iiiiiiiiMM MMMMMMMMMM MMMMMMMMoo oooooooooo
PolyPhobius   iiiiiiiiii iiiiiiiiiM MMMMMMMMMM MMMMMMMMoo oooooooooo
SCAMPI   iiiiiiiiii iiiiiiiiMM MMMMMMMMMM MMMMMMMMMo oooooooooo
SPOCTOPUS   iiiiiiiiii iiiiiiMMMM MMMMMMMMMM MMMMMMMooo oooooooooo
 
 51                                          91         
Seq.   GGNGRLTNAE IKKIPRKQLA AWAILYADKK YGKKWGEAAD DLRSGHLTIK
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 101                                         141        
Seq.   SYSKYRFGDY EISATDGSTL YVINDQVGYL VSKDNKEITY VGNKSSYSNR
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 151                                         191        
Seq.   SVLSQIYPEI KSENTDKNVN IWNDNLSIVA GKSDENVNDQ SSKTSTKSKK
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 201                                         241        
Seq.   TTSENKLWSS TQNDELISYM DEFGEKMHQS YEHYIDGKDD LVTLAGEHFP
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 251                                         291        
Seq.   SDINENTYPF KLSSGDHDSR DPKDMDSIKL KWNPQVTSKD NDSDTYNVVA
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 301                                         341        
Seq.   IFNHNGKSAE DHITYLFCFY HGEPVALVDQ TTNGGYVVVH PTANQDLTSH
TOPCONS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
OCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PHILIUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
PolyPhobius   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SCAMPI   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
SPOCTOPUS   oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo oooooooooo
 
 351        
Seq.   FEEIANND
TOPCONS   oooooooo
OCTOPUS   oooooooo
PHILIUS   oooooooo
PolyPhobius   oooooooo
SCAMPI   oooooooo
SPOCTOPUS   oooooooo